Innerhalb des IFAF koordinieren und bündeln die vier Kompetenzzentren der beteiligten Hochschulen die Forschungsaktivitäten in den einzelnen Bereichen. Die Kompetenzzentren unterstützen die Antragsteller und Antragstellerinnen bei der Vorbereitung von Projektenanträgen, die beim IFAF eingereicht werden sollen; der Suche nach Partner an anderten beteiligten Hochschulen und regionalen Partner sowie der Durchführung der bewilligten Projekten.

Darüber hinaus leisten die Kompetenzzentren einen Beitrag für die Vernetzung der angewandten Hochschulforschung und sollen die Drittmittelfähigkeit der Hochschulen stärken.

Neben dem Kompetenzzentrum Integration und Gesundheit an der ASH gibt es folgende weitere Kompetenzzentren:

• Kompetenzzentrum Ingenieur­wis­sen­schaften an der Beuth Hochschule
• Kompetenzzentrum Angewandte Informatik an der die Hochschule für Technik und Wirtschaft
• Kompetenzzentrum Wirtschaft und Verwaltung an der Hochschule für Wirtschaft und Recht